Przed wpuszczeniem ryb niezbędne są jeszcze pewne czynności, a mianowicie rozwinięcie licznej populacji bakterii w żwirze w celu rozkładania i utleniania produktów przemiany materii ryb, ale nie tak licznej, by zatruwały z kolei wodę. Związki azotowe są przez bakterie utleniane najpierw do trujących azotynów, a potem do nieszkodliwych azotanów. Koncentrację azotynów mierzy się za pomocą specjalnego zestawu wskaźników według dwóch metod:  kupujemy zestaw urządzeń, zawierający płyn, który wkrapla się do akwarium w ściśle określonych ilościach. W płynie tym są i bakterie, i pożywka dla nich. Następnie obserwuje się stężenie azotynów przez kilka dni; gdy z wartości 12-15 ppm (pars per million) spadnie ono do zera, można wpuścić kilka małych ryb, O przeniesienie szufli żwiru z ustabilizowanego akwarium morskiego od zaprzyjaźnionego hodowcy lub sprzedawcy, a wraz nim milionów bakterii. Test na azotyny wykonuje się, jak w poprzedniej metodzie.
Ilość bakterii biorących udział w przerabianiu rozpuszczonych w wodzie związków azotowych zależy właśnie od ich koncentracji. Zatem nie można wpuścić od razu wszystkich ryb; trzeba wprowadzać je stopniowo, zaczynając od najtańszych i dość odpornych na azotyny. Polecane są zwykle Dascyllus, ale jeszcze lepsze są ryby z wód słonawych i z portów, jak Scatophagus i Monodactylus. Wytrzymują one warunki zabójcze dla większości ryb morskich.
Początkowo bada się stężenie azotynów codziennie, a później co tydzień. Wzrost ich koncentracji świadczy o przegęszczeniu zbiornika lub o jakimś poważnym kłopocie, jak np. nie zauważona zdechła ryba.